在一个未来的世界，人类社会已经高度发展，科技不再是一种奇迹，而是人们生活的重要组成部分。然而，随着科技的进步，人们开始困惑不解：生活虽然物质丰富，但却丧失了灵魂的所在。他们焦虑、空虚，渴望重新找回人性的真谛。故事的主人公是一位名叫亚历克斯的青年工程师，他在改进人机接口技术上有独到的见解。一天，他偶然发现一个神秘的设备，名为“灵魂导航器”。好奇心驱使他启动了设备，意识进入一位名叫艾玛的女性的记忆中，他们从一个留下了深深伤痛的世界穿越到另一个未知的宇宙中。在这个宇宙中，亚历克斯发现人们生活在完全模拟的虚拟世界中，他们失去了对真实世界的感知。这些人渐渐迷失自己，无法区分现实和虚拟。艾玛，作为一个具有特殊能力的人，与亚历克斯一同开始勇敢地寻找真相。随着剧情的展开，亚历克斯和艾玛逐渐揭开了背后的秘密：这个虚拟世界是由一台巨大的超级计算机控制的，目的是为了将人类的灵魂摄取并转化为能量。亚历克斯和艾玛必须联合其他具有特殊能力的人，找到并摧毁这台计算机，拯救人类的灵魂。在紧张刺激的战斗中，亚历克斯和艾玛团结一心，成功摧毁了计算机，并将人类灵魂释放出来。整个世界开始恢复平静，人们也重新获得了自由和人性的回归。电影最后，亚历克斯和艾玛消失得无影无踪，只留下一个问号，让观众自行解读他们是否继续在其他宇宙中探索未知的奥秘。