《五尺神探》讲述了一位身材矮小但头脑聪明的京城名捕潘天柱的故事。他以其非凡的推理和破案能力闻名远近，赢得了“五尺神探”的美誉。然而，随着岁月流逝，近十年来他未能破获任何大案，加之连串的闹剧发生，使得总捕头决定将他贬至偏僻的雾镇担任捕头，希望他在那里安度晚年。潘天柱到达雾镇后，很快就发现了这个看似平静的小镇隐藏着不为人知的秘密。李有钱、王寡妇、王讼师等村民接连惨死，这些事件坚定了他的猜疑，使他决心揭露背后的真相。与此同时，渴望成为六扇门成员的年轻人吴所谓，抓住机会拜潘天柱为师。在一系列令人啼笑皆非的师徒互动中，他们逐步解开了一层层谜团，最终牵扯出一桩二十年前的离奇大案。这部影片充满了悬疑和幽默，展现了一个老捕快的智慧和勇气，以及师徒二人在追求正义道路上的奋斗和成长。